元朝是蒙古族所建立的王朝，它灭掉北方的金和南宋政权后，逐步统一了中国，并把北京定为它的国都。经过长期战乱的北方广大地区，经济受到严重破坏，而江南地区较北方安定，所受损失较小，加之多年的发展，当时仍是全国最富庶的地区。为了把大量的物资运往北方，甚至运到北京，就必须有一条能够承担如此巨大运量的运输通道，统治者的目光自然要注意到大运河。可是，隋朝所开凿的大运河是一条连接陕西、河南和扛南之间的通道，而元朝的都城北京距运河尚有一段距离，原有的北方运河已失去作用，因此，元朝统治者下决心在北京到淮北之间开凿一条新的运河，与江淮运河连接起来，以满足它的统治需要。

　　这条运河工程分为两部分：首先从北京向东开凿了一条“通惠河”，在通州附近与白河相会，顺白河向东流到天津附近又与卫河相会。由于卫河在河南与黄河相通，如果从卫河乘船入黄河再由黄河进入淮河然后进入运河，再南下江浙，所绕弯路太多。为了缩短航程，在卫河中游向东南开凿了一条“会通河”，这样可以直达苏北的淮阴，在这里与原有的运河河道接通，这两大工程完工后就形成了我们今天在地图上所见到的京杭大运河航线。它从北京开始，经过通惠河、白河到天津，然后由天津经卫河、会通河到淮阴，再经原有的运河到达扬州，渡过长江经江南运河到达杭州。

　　这项浩繁的工程完工后，缩短了北京到杭州的距离，大量物资可以浩浩荡荡一路北上直抵京城。可是，好景不长，这条新的运河航路开通不久，东南沿海一带逐步兴起从海上运货人京的办法，大批的江南货船进入长江后东进人海，沿海岸线北上，进入渤海湾即可由天津抵达北京。由于海运比河运省钱，而且可以免去转运之劳和搁浅之患，因此，除北方一些内陆州县仍利用运河输运漕粮外，江南大部分货、粮船都改行海路。当时每年由运河输运入京的粮米仅为几万石，而通过海路运抵京城的粮米已达300多万石。

　　在元朝以后的明清两代500多年的岁月中，京杭大运河仍然发挥着巨大作用。

　　明朝最初建都于南京，由于这里是江南富庶之地，统治者自然不会重视京杭大运河的运输问题。明王朝迁都到北京后，南方粮米运输又成为一大难题。多年的海运在实践中出现了许多问题，如，当时从事海上运输的船只都是木船，几乎没有抗御风浪的能力，船只倾覆事件时有发生。为此，明朝政府严令停止海上运输。京杭大运河又重新承担了繁重的运输任务。为了确保运河的畅通，明政府又征用大批人力重新清理被淤塞的会通河，对其他河段也进行了全面的整修，古老的大运河又焕发出青春的活力。